分子考古学利用分子生物学技术，对考古遗址出土的人类、动物、植物以及其他微生物遗存的DNA分子进行遗传学分析，研究相关生物物种的群体（甚至个体）在考古遗址所在地域的演变历史（例如人类群体迁移、通婚或更替，动植物的驯化与地区间的交换等），重建人类社会文化发展与环境变化之间的互动过程，并结合考古学其他方面的研究成果，进行古代人类社会的考古学研究。同时，考古发掘出土的生物遗存又为分子考古学提供了宝贵的研究材料。

　　“中华文明探源工程”是以考古调查发掘为获取相关资料的主要手段，以现代科学技术为支撑，采取多学科交叉研究的方式，揭示文明起源与早期发展的重大科研项目。项目自2001年开始以来，取得了辉煌的成绩。科技考古相关方法，尤其是古DNA研究的应用为研究中华文明多元一体格局的形成和发展提供了科学依据。随着分子生物学技术的不断发展，目前古DNA研究已经从线粒体DNA、核DNA短片段的研究发展到了古基因组研究范畴，针对不同遗传标记、不同时空范围内的研究对象，可以重建中国不同地区古代人群的遗传结构特征及动态变化规律、人群迁徙与文化互动等，为探索中华文明形成的基础、中华文明多元一体进程发展的内在机制和动力提供新的视角。

　　古基因组研究显示，距今1.9万年前，东亚人群在南方和北方已经分化形成不同的人群谱系。东亚南方存在具有古老遗传特点的多个早期现代人支系；东亚北方人群总体上呈现出长期且较为连续的遗传特点，但不同区域逐步演化形成了具有各自地域特点的支系。进入新石器时代以后，东亚南北方人群之间存在双向遗传互动，至少在距今8300年前南北方人群之间的交流与融合逐渐提速，距今4800年前交融的趋势愈加明显。新石器时代南北方人群之间的融合，以及新石器时代以后黄河流域以北人群大量南迁，塑造了现在中国南北方人群遗传结构的基本特征。在这个过程中，中华大地上古代人群的演化基本是连续的，区域内各人群之间迁徙与交流随着时间的推移逐渐频繁，但是整体上没有明显地受到外来人群的影响。需要指出的是，距今8400多年前以中国南方的福建及毗邻地区为代表的古代人群的南向扩散还影响了东南亚与太平洋岛屿的人群结构，南岛语系人群的起源便与之直接相关。

　　中原地区是中华文明起源的腹心地带，自仰韶文化、龙山文化至二里头文化时期，该地区多个遗址古代人群的遗传结构均表现出高度的连续性。河南仰韶遗址古基因组研究发现该遗址的仰韶文化与龙山文化人群之间具有稳定的遗传关系。河南禹州瓦店、漯河郝家台和淮阳平粮台遗址等古代人群基因组比较发现，黄河中游地区龙山文化人群具有遗传结构的相似性，其主体来源于本地的仰韶文化人群。值得注意的是，进入龙山时代后以瓦店、郝家台和平粮台为代表的中原地区人群也受到来自东亚南方古代人群遗传结构的影响，而以仰韶为代表的中原地区人群则受到来自东北亚古代人群遗传结构的影响。进入二里头文化时期，在保持中原地区早期人群的遗传连续性的基础上，外来成分的影响更加显著，不排除与二里头文化人群来源的复杂性有关。龙山文化至二里头文化时期，中原地区在不断汇聚周边地区人群的同时，本地人群也频繁地向其他地区大范围迁徙与扩散，跨区域的文化交流越来越普遍，多元一体的中华文明早期发展进程开始提速。总的来说，自新石器时代以来，以仰韶、瓦店、二里头等为代表的中原地区古代人群之间具有高度的遗传连续性，在仰韶时期其主体遗传结构已经形成，没有显著的遗传结构改变，他们对中华民族的形成有着重要的遗传贡献。

　　黄河下游山东地区多个遗址古代人群的DNA研究显示，山东地区古代人群可以分为距今约9500—4600年前的早期人群和距今约4600—1800年前的晚期人群。早期人群已经拥有了东亚南方和北方人群的母系遗传特点，龙山时代及以后的晚期人群受到了其他地区人群的影响，这些影响丰富了山东地区人群母系遗传结构的多样性。焦家大汶口文化农民可以被模拟为黄河中游粟黍农业人群和山东本地狩猎采集者血统的混合，焦家古代人群中有大量来自中原地区仰韶文化粟黍农业人群的遗传成分，这说明仰韶文化农业人群从黄河中游向东迁徙进入了黄河下游，并参与了大汶口文化人群的构成。山东龙山文化人群与大汶口时期的人群保持了遗传连续性，进入商周时期以后，进一步受到中原地区古代人群的影响。此外，在这一过程中，也有山东古代人群向外扩散的现象。距今约3100年以后，山东沿海和内陆地区的人群之间也可能存在基因互动。

　　史前时期多个遗址人群的古DNA研究表明，陕北地区仰韶时代晚期到龙山时代人群具有遗传结构的连续性，并不是被外来人群代替。学术界普遍关注的石峁人群古DNA研究显示，石峁文化的不同地点、不同等级和社会地位的人群具有较近的母系遗传联系，他们有着共同的祖先，即仰韶时代晚期的本地人群。此外，石峁人群与龙山时代黄河中下游的古代人群有着紧密的母系遗传关系，与晋南地区陶寺人群的关系最为密切。这表明，在龙山时代石峁人群与周边人群不仅有文化的影响，也存在广泛的基因交流，并且这种交流不局限于陕北地区，也广泛存在于黄河流域。与其他古代人群相比，石峁人群对现代北方汉族可能有更大的遗传贡献，是华夏文明起源过程中的主脉而非旁支。

　　除此之外，中原地区古代人群的扩张影响也辐射到了青藏高原地区。至少在4700年前，宗日遗址古代人群在遗传结构上已经出现混合现象，显示受到了黄河流域古代人群的影响。此现象与考古学证据吻合，该地区的狩猎采集人群可能与低地的粟作农业人群之间存在互动。河西走廊古代人群的分子考古学研究显示，在汉代以前该地区主要是本地黄河上游人群，汉代时期中原人群开始向此移民，汉代以后河西走廊的人群就与现代人群相近，这也是中原地区向周边辐射、中原地区与西北地区融合的见证。

　　西辽河流域新石器时代古代人群也显示出较强的遗传连续性，其中新石器时代晚期和青铜时代早期，表现出与栗作农业经济占主导的中原地区古代人群的密切关系。进入青铜时代以后，西辽河流域古代人群又与黑龙江流域牧业经济的古代人群关系密切，这可能与当时的环境更适于牧业经济，吸引了来自东北地区游牧民族的南向流动有关。

　　中国黄河流域地区古代人群显示出了长期的遗传连续性，但不同区域又表现出各自地域性的遗传结构特点。人群的跨区域移动还伴随着粟、黍、稻米、黄牛、绵羊等驯化物种，冶金、制玉等关键技术与重要资源，以及与之相关的生产方式、礼制思想乃至价值观念的大范围交流与传播。总的来说，中华文明的形成与发展不是单纯的文化传播与扩散，中华民族共同体形成的早期历史是以人群互动为驱动力，以中原地区为核心，各地区人群长期交往交流交融的结果，是中华大地各区域先民共同的历史选择。

　　分子考古学进入古基因组时代，面对海量的数据与信息，如何选取和解释是分子考古学面临的挑战。只有整合考古学、人骨考古学、动物考古学、年代学、食性分析、环境考古学等多方面数据，以年代为依据，在考古学系统框架下进行科学解读，揭示各个重要文化区域人群迁徙和文化互动，反映遗址内社会组织形态等问题，才能更有效地为考古学服务。目前，中国古代人群基因组研究多集中在大的时空框架内人群之间的宏观关系等问题上，关于遗址内部人群的性别构成、个体之间的亲缘关系等微观问题方面的研究还很少。然而，这些研究恰能够反映遗址内家庭关系、婚姻状况和人员构成等，可为考古学与历史学界长期关注的社会组织形态研究提供关键信息。

　　（作者系中国社会科学院科技考古与文化遗产保护重点实验室副研究员）