众所周知，熊十力虽以儒家哲学名世，有着极强的儒家身份认同，然其与佛学界渊源有自，在内学领域造诣颇深。故要理解熊十力的儒家体用之学，不能脱离其与佛学尤其是唯识学的因缘关系。事实上，“新唯识论”乃是熊十力哲学体系的根本，正是通过对内学院唯识学体系的“变异”与“扩解”，熊十力才得以从哲学心理学角度入手，为其新儒学奠定“本体论”基础。

　　“功能”与“习气”之分

　　熊十力曾从欧阳竟无研习唯识学约有三年之久，其佛学积淀可谓甚深。然而，他在1922年受邀于北大讲授唯识学后，不满足于既有佛学体系下的唯识学，意欲借对唯识学之扩解而开展其哲学体系之构建，遂与内学院系统产生分歧，引发双方的唯识之辩。熊十力批驳唯识旧说，树立唯识新论，其基本的哲学方法论前提在于：必须区别哲学玄学与实证科学之法。他批判唯识旧师以分析之法处理“心识”，“不悟心识为流行无碍之全体，而妄析成八聚”。显然，熊十力不同意唯识学分别真如（性）与妄染心识之立场，而要合心与性，以“心”作为本体说明现象世界的造化流行。为此，熊十力展开的论证主要集中在两个方面：一是区别“功能”与“习气”，否定护法“种子”说；二是分别“心”（本心）与“习”（心所有法），坚持从玄学立场上把握“本体”之“心”。

　　奘基之学承继护法唯识学而来，坚持“种子”即同“功能”，以此说明诸法“因缘”现行而起来。由此，旧师所谓“功能”也就是“潜伏”之作用，其同于“种子”或“习气”。对此，熊十力极不认同而力辟之，“护法唯未见体，故其持论种种迷谬。彼说本来真如为体已，又乃许有现境而推求其原，遂立功能作因缘，以为现境之体焉。若尔，两体对待，将成若何关系乎？”唯识学立“解脱依”“染净依”之“两依”有其考虑，本是要解决真如理体与现象经验世界两立不混杂的前提下，现象经验世界如何生起的问题，其思可谓精巧。但是，在熊十力看来，此“两依”则有“两体”之嫌。他认为，要解决此“两体”之过，当摒弃护法之“功能”概念，区别功能与习气，“我们所说功能，本与护法异旨，盖以为功能者，即宇宙生生不容已之大流”，此“功能”乃“原唯本有，无别始起。所以者何？功能为不可分之全体，具足众妙。无始时来，法尔全体流行，曾无亏欠，岂待新生递相增益”。功能即是“宇宙生生不容已之大流”，则其与“习气”非一。这里，熊十力的基本立场是，“功能”是基于“本体”而言，“习气”则就“经验界”而说，所谓“功能者，天事也。习气者，人能也。以人混天则将蔽于形气儿昧厥本来”。基于功能与习气的天人之分，熊十力判“功能”为“无染”，而“习气”则为“染净”杂糅，即便是“四净习”，仍属“习气”，故为“功用”，而非“功能”。对此，熊十力还作了解释，“习之与性，有顺有违。顺性为净，违性为染。戒等只是顺性而起，故说为净习。净习者，性之所由达也。虽复名习而性行乎其中，然不可即谓之性。净习染习势用攸殊，此消彼长，顺吉逆凶”。显然，熊十力这一说明乃是依循《起信论》的思维，以“心体”随“染净缘”而有“染净事”：顺染缘成染事，顺净缘则成净事。虽有染净事之异，此“事”终为“习”，而非“性”。以此，熊十力坚持“本体”之功能之“用”不同于“习气”之“用”。