自秦汉以来，如何处理中央与地方关系一直是国家政治的重要问题。鉴于财政与国家治理的紧密联系，中央与地方的关系核心是处理二者在财政收入与支出分配上的关系。传统中国基本是以财权集中于中央为主，但由于管理区域的扩大和公共事务的增多，地方政府在承担一定政治、经济、社会功能与责任的同时，自然而然被赋予一定的财政权力，甚至在晚清还出现了中央财权下移和地方分权的现象。

　　起运与存留比例之变动：清代前期集权体制下的中央与地方财政关系

　　清代并没有严格意义上的中央财政与地方财政的分野，但有以“起运”“存留”为标志的中央财政与地方财政的划分和调整。“起运”与“存留”实质上就是中央与地方对于所征收钱粮按一定比例进行再分配：一部分起解户部及各部寺监，作为国家经费开支之用，一部分存留本地，作为地方经费开支之用。

　　清朝入主中原之后，事权的高度集中导致财权的高度集中。户部作为中央财政主管机构，制定财税征管政策，包括修订和编纂《赋役全书》以实现各省、州、县的赋役定额化；推行和利用诸如“易知由单”“实征红簿”“串票”“截票”等征税工具，以及滚单催征、顺庄编里等征收方法，确保赋役的足额征收。与此同时，通过起运、存留制度调剂中央与地方之间的收支比例，通过解款和协款制度调剂不同省份、不同地方之间的收支余缺，实行严格的考成制度、库藏制度、奏销制度等控制着地方财政。

　　与此同时，康熙朝以后还采取“悉数解司”与户部掌管“奏销”的举措，进一步强化中央对于地方财税的掌控。各地征收钱粮“悉数解司”等于取消了以州县为单位的财赋存留，州县正项经费开支必须随时向布政司及其所辖的户部寄存库领支。而清朝前期的奏销制度，除了由布政使司汇总所属府州县当年的赋税出入数额，核造上报计簿（“奏销册”）给户部审核外，还由督抚另外“复核”题奏，以达到相互监督之目的。雍正朝以后推行的耗羡归公，将地方官加征的杂税部分公开化和合法化，从而加强了预算外收入的管理，以实现其集权之目的。

　　从起运与存留的比例来看，清代中央有逐渐加强集权之趋势。清初，存留与起运各占一半，随着军费开支和中央财政的匮乏，中央政府开始对地方存留进行削减，地方存留所占比例逐渐减少。康熙中叶至嘉庆、道光年间，地方存留一般不超过25%，嘉庆末年甚至仅为17.4%。中央与地方财政分配比例从对半分配变成了头重脚轻的局面，形成集权型的中央与地方财政关系。