弗兰西斯·培根（1561—1626）一开始就把矛头指向传统哲学即旧形而上学，他针对亚里士多德的《工具篇》写了《新工具》，强调经验归纳，反对单纯的演绎和证明。他认为，传统形而上学的根本缺陷是缺乏实用性：像孩子一样“敏于喋喋多言，不能有所制作”，充满争辩却没有实效；像希腊神话中的斯居拉女神，虽然“具有一个处女的头脸”，却没有生育的能力。

　　培根在《新工具》开始的前几节就对传统哲学、科学、逻辑提出了批评意见，对古希腊以来的哲学和科学传统持激烈的批评态度：“我们所拥有的科学大部分来自希腊人”，但是，“希腊人的智慧乃是论道式的，颇耽溺于争辩；而这恰是和探究真理最相违反的一种智慧”。希腊人的智慧沉溺于争辩，却没有结出科学的果实：“我们现在所拥有的科学还只不过是把若干已经发现的事物加以妥善调整并予以提出的一些体系，而并不是什么发明新事功的方法或对新事功的指导。”这个定性几乎否定了希腊人智慧的科学价值。

　　科学成为现在的状态，在培根看来是由传统的逻辑决定的。因为，逻辑作为科学发现、科学建构的基本方法和途径，决定了科学的基本面貌。传统逻辑就是亚里士多德的形式逻辑。培根指出：“正如现有的科学不能帮助我们找出新事功，现有的逻辑亦不能帮助我们找出新科学。”现在所使用的逻辑，不是帮助追求真理，而是帮助把建筑在流行概念上面的许多错误固定下来，“所以它是害多于益”。他尤其批评了形式逻辑中的三段论。“三段论式不是应用于科学的第一性原理……它是只就命题迫人同意，而不抓住事物本身。” 所以，培根断言：“由论辩而建立起来的原理，不会对新事功的发现有什么效用。”在培根看来，亚里士多德的演绎逻辑适合于论辩，但不适合于认识事物、发现真理。

　　由于亚里士多德是古希腊哲学的集大成者，是形而上学的提出者，是形式逻辑的创始人，还是许多科学的奠基人，所以亚里士多德是古希腊智慧的代表人物，要对传统的形而上学、科学、逻辑进行批判，就不可能绕开亚里士多德。培根在《新工具》中直接点名批评亚里士多德的地方有很多。比如，在讲“洞穴假象”时培根说：“在亚里士多德那里就特别可以看到这种情况，他把他的自然哲学做成只是他的逻辑的奴隶，从而把它弄成富于争辩而近于无用。”在讲到“剧场假象”即“学说体系的假象”时，培根把错误的哲学体系分为三种：诡辩的、经验的和迷信的。“第一类中最显著的例子要推亚里士多德。他以他的逻辑败坏了自然哲学：他以各种范畴铸出世界；他用二级概念的字眼强对人类心灵这最高贵的实体赋予一个类属……”我们看到，培根对亚里士多德给予了非常负面的评价。

　　培根生活的年代正是近代自然科学兴起的时代，他顺应时代思潮，为科学呐喊，他将自然科学作为哲学的主题，制定了一个科学复兴的宏伟蓝图。要“立”须先“破”，所以他对传统思想、传统哲学进行了猛烈批判。他认为传统思想中有许多阻碍科学进步的东西，其中之一便是所谓对亚里士多德哲学的“普遍同意”，经院哲学家将神学与亚里士多德哲学结合起来，构建了更适合宗教的神学体系，阻碍了人们对自然的研究。这些神学体系和各种诡辩哲学成为人们思维的障碍之一，培根称其为“剧场假象”，认为这些体系无非是一些“舞台剧”而已，你方唱罢我登台，各种哲学表现的其实是哲学家自己根据“布景”创造的“世界”。培根下定决心清除一切旧的哲学、旧的思想：“我们必须以坚定的和严肃的决心把所有这些东西都弃尽屏绝，使理解力得到彻底的解放和洗涤。”