企业博物馆主要围绕企业门类进行收藏、展出、教育、研究。除了主管单位是企业之外，其运营方式同其他类别的博物馆并无差异。

　　早期的企业博物馆大多照搬传统博物馆的机构设置，“三部一室”（保管部、展览部、陈列部、办公室）在企业博物馆机构设置持续的时间都较长，也积累了一些运营经验。比如原中国邮电博物馆就曾这样设置过内部机构。但是，不少企业博物馆在运营一个时期后，总感觉内部机构不是较理想。在到一些大馆进行调研后，一些企业博物馆开始打破“三部一室”的传统博物馆机构设置格局，开始按历史发展时代划分机构，以此提高综合管理效率。原中国邮电博物馆在20世纪90年代中后期，开始调整内部机构，设置了古代史部、近代史部、现代史部、综合办公室，形成新的“三部一室”，一个部门即可承担藏品征集、保管、展出、设计等“一条龙”的工作。业务人员既熟悉藏品、又懂得如何保管文物、还对展览展示设计有独到的想法，这对企业博物馆来说在当时是比较可行的组织机构。

　　企业博物馆内部机构也在发展变化，不断适应新形式的需要。目前，中国电信博物馆（原为中国邮电博物馆）由中国电信集团公司主管主办，电信博物馆机构设置有综合管理部、业务展示部（收藏、保管、展览）、编辑部、政企客户体验中心（新业务新技术）。由于博物馆是文化单位，上级单位交给博物馆的工作也离不开企业文化、企业文史、企业档案等内容，旨在发挥博物馆的知识力量，充分发挥博物馆的功能。中国电信自重组成立起就把编纂企业年鉴的工作交给了电信博物馆，具体负责年鉴的编辑与出版。为此，电信博物馆还设置了编辑部，配备专人从事年鉴编辑工作。另外，电信博物馆还承担中国电信集团公司网站“通信博览”频道的编辑，全力支撑中国电信企业文化发展。

　　科学有效的部门机构设置，既有利于博物馆的运营与各项业务的发展，又有利于各类人才的相继涌现，更有利于上级主管单位对企业博物馆工作的认可与肯定。