从2001年至今，这一阶段可以称为兵团精神的深化阶段。之所以称为深化阶段，是因为这一阶段，兵团精神在发展中出现了新的标志性特征，即开始对兵团精神进行了系统研究，并力求在屯垦戍边新实践中继承弘扬兵团精神。

　　兵团精神深化的标志

　　兵团精神深化阶段最明显的标志，就是新职工开始发挥兵团精神的继承者和创造者的主体作用，开始从理论高度研究兵团精神

　　从兵团精神的实践载体兵团事业的发展来说，这一阶段经过长期的改革开放，已经形成了一些关于兵团事业发展的基本认识，特别是对兵团精神适应市场经济、在市场经济条件下运用兵团精神推动屯垦戍边实践的认识不断深化和统一；同时这一时期兵团事业开始进入全面建成小康社会的新时期，推动了兵团实践的不断深入，特别是随着2010年中央新疆工作座谈会的召开，兵团事业进入了维护新疆社会稳定和长治久安的新阶段，为兵团精神的实践不断推进创造了现实条件。

　　从兵团精神发展遇到的现实课题来说，这一时期，主要是如何从理论高度总结深化对兵团精神的研究，揭示兵团精神形成发展的规律，更有效地宣传弘扬兵团精神，更好地运用兵团精神指导和推动兵团新的实践，特别是在兵团维护新疆社会稳定和长治久安的新实践中怎样进一步运用兵团精神的发展规律唱响兵团精神、推动兵团事业再创辉煌，这是兵团精神深化时期需要回答的现实课题。

　　从兵团精神同兵团实践之间的相互关系来说，由于这一时期兵团屯垦戍边实践已经经历了几十年的发展，不仅有了丰富的成功经验，也有了发展教训，对于市场经济下继承弘扬兵团精神的重要性有了更加明确的认识，有利于更充分地发挥兵团精神对兵团实践的推动作用，促进兵团精神同兵团实践之间更加紧密地结合，使新中国屯垦戍边事业更具有内在的发展动力；这一时期兵团实践的广度已经基本确定，但实践的深度却随着改革开放的不断深入而深化，特别是随着兵团全面建成小康社会和维护新疆社会稳定和长治久安的实践，屯垦戍边实践的深度更达到了前所未有的地步，这也对兵团精神提出了更深层次的要求，使兵团精神同兵团实践的关系进入到深层次的相互促进之中，能够运用兵团精神发展中的各种规律性认识更加自觉、更加系统、更加全面地推动兵团实践的发展。

　　从兵团人对兵团精神的认可程度来说，这一时期兵团已经从前一时期对大量新职工进入兵团和老职工退休的快速变动中逐渐适应下来，对于新职工在继承弘扬兵团精神中的主体作用已经有了更加明确的认识，新职工也更加积极地融入屯垦戍边实践中，更加积极地承担起继承弘扬兵团精神的责任，兵团精神在全体兵团人中的认可程度较前一时期大为提高，并且随着社会主义核心价值体系建设的不断深入，职工群众日益认识到兵团精神对于巩固屯垦戍边的核心价值观和作为兵团人的主流价值的重要意义，兵团精神日益成为兵团人自觉的行为追求。

　　从兵团精神内在含义的完整统一性来说，由于这一时期兵团实践的深度达到空前的地步，为系统把握兵团精神各方面内涵创造了有利条件，特别是随着把弘扬兵团精神放到兵团建设社会主义核心价值体系之中来认识，作为屯垦戍边的核心价值观来把握，开始从理论高度研究兵团精神、总结兵团精神的形成发展规律，使兵团精神内涵的系统性、完整性、统一性得到了全面提升，并且得到了兵团内外的普遍认同，这是兵团精神深化时期出现的新特点。

　　从兵团精神的对外影响力来说，这一时期抓住全国建设社会主义核心价值体系的契机，借助中央和全国各族人民对兵团的重视支持，借助对口援疆的优势，借助兵团扩大对内对外开放、加强对外文化交流合作，使兵团精神开始走出兵团、走出新疆、走向全国，对外影响力不断扩大。

　　兵团精神深化阶段最明显的标志，就是新职工开始发挥兵团精神的继承者和创造者的主体作用，开始从理论高度研究兵团精神，使兵团精神的主要内涵成为兵团人的共识，对屯垦戍边实践的促进作用得到进一步强化。